Сумма отпускных за неотработанные дни удерживается из доходов увольняющегося работника при окончательном расчете с ним <ст. 137 ТК РФ>. При этом нужно учитывать, что удержать (без добровольного согласия работника) можно не более 20% от выплачиваемой работнику на руки суммы <ст. 138 ТК РФ>. И уж точно сумма удержания никак не может быть больше начисленного дохода. Минусовых значений в принципе быть не должно.
Что касается НДФЛ, то код 2012 предназначен для отражения суммы отпускных выплат, а код 4800 – для иных доходов <Приложение 1 к Приказу ФНС от 10.09.2015 N ММВ-7-11/387@>.
НДФЛ с удерживаемых отпускных за неотработанные дни вообще не отражается в справке 2-НДФЛ отдельно, тем более с минусом. Просто сумма НДФЛ с последней выплаты работнику уменьшается на сумму НДФЛ с части отпускных за неотработанные дни отпуска, которую вы удержали.
Если долг работника больше суммы, которую организация вправе у него удержать, то работника можно попросить погасить долг добровольно. Если же на момент увольнения за работником так и остался долг, его сумма и удержанный с нее НДФЛ в справке 2-НДФЛ никак дополнительно не отражаются. Сумма отпускных за неотработанные дни так и остается отраженной в доходах в составе выплаченных отпускных. А НДФЛ с нее остается отраженным в сумме удержанного и перечисленного в бюджет налога.
Если впоследствии долг работника перед вами будет погашен, НДФЛ с этой суммы вы должны будете вернуть работнику как излишне удержанный <п. 1 ст. 231 НК РФ>.
Допустим, начисленный за месяц увольнения доход равен 20 000 руб., а сумма отпускных за неотработанные дни – 10 000 руб. НДФЛ с этих сумм составляет, соответственно, 2600 руб. и 1300 руб. Удержать из дохода работника можете только 3480 руб. ((20 000 руб. – 2600 руб.) х 20%). НДФЛ с этой суммы равен 452 руб. Таким образом, при увольнении работник получит доход в размере 16 520 руб. (20 000 руб. – 3480 руб.), а НДФЛ, который нужно удержать составит 2148 руб. (2600 руб. – 452 руб.). Неудержанный долг за работником в размере 6520 руб. и НДФЛ с этой суммы, равный 948 руб., отдельно в справке 2-НДФЛ показывать вообще не нужно, тем более и с минусом.