Раздельный учет входного НДС надо вести, если у вас есть облагаемые и не облагаемые НДС операции ст. 170 НК РФ.
Раздельный учет можно организовать на счете 19, используя субконто "Способы учета НДС". При поступлении товаров, работ, услуг выберите один из вариантов - принимается к вычету, учитывается в стоимости или распределяется.