Официальная позиция такова: оплата работодателем аренды жилья для работника равнозначна выплате ему дохода в натуральной форме. Суммы такой оплаты  включаются в налоговую базу по НДФЛ <п. 1 ст. 210, подп. 1 п. 2 ст. 211 НК РФ; Письма Минфина от 22.10.2013 № 03-04-06/44206, от 30.09.2013 № 03-03-06/1/40369>.
Известны и судебные решения в поддержку такой позиции. Так, в одном случае суд пришел к выводу, что работодатель неправомерно не включал в базу по НДФЛ оплату аренды квартир для работников <Постановление ФАС УО от 27.09.2013 № Ф09-8911/13>. Арбитры отметили, что оплата за наем жилья не предусмотрена трудовыми договорами с работниками и не определена как часть их заработной платы. И значит, нет оснований полагать, что спорные суммы выплачены в интересах компании как работодателя. В других случаях суды приходили к выводу, что оплата аренды жилья для иногородних работников, предусмотренная трудовыми договорами, входит в состав компенсационных выплат, связанных с переездом в другую местность <п. 3 ст. 217 НК РФ>, следовательно, не облагается НДФЛ <Постановление ФАС ВСО от 11.09.2013 № А19-2330/2013>. ФАС Московского округа, рассматривая подобное дело <Постановление ФАС МО от 21.03.2011 № КА-А40/1449-11>, руководствовался той же логикой. Организация издала приказ «Об аренде квартир для сотрудников», в соответствии с которым высококвалифицированные работники из других регионов обеспечивались жильем на время действия трудового договора. Компания от своего имени заключала договоры аренды, оплачивала аренду, коммунальные и бытовые услуги. Эти затраты относились к прочим расходам, связанным с производством и реализацией. Исходя из этого, спорные суммы правомерно квалифицированы организацией как компенсация при переезде сотрудника на работу в другую местность и не должны облагаться НДФЛ.
Можно сделать вывод, что большая часть судов поддерживает налогоплательщиков при условии, что договор аренды жилья для работника заключен непосредственно между организацией и арендодателем и возмещение аренды предусмотрено трудовым или коллективным договором. Аргументы в том числе такие. Во-первых, сам работник этих денег не получает. Во-вторых, налоговики пытаются повторно обложить НДФЛ одну и ту же сумму, поскольку организация удерживает НДФЛ с доходов арендодателя (в случае, когда жилье арендуется у физлиц) <Постановления ФАС ДВО от 25.01.2013 № Ф03-5923/2012, ФАС УО от 08.06.2012 № Ф09-3304/12, ФАС ЗСО от 02.09.2011 № А70-10656/2010>.

---примечание
Если считать спорные суммы компенсацией, связанной с переездом работника в другую местность, то и страховые взносы на них начислять не надо, поскольку такая компенсация указана в числе не облагаемых взносами выплат <подп. «и» п. 2 ч. 1 ст. 9 Закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ; подп. 2 п. 1 ст. 20.2 Закона от 24.07.98 № 125-ФЗ>. В спорах с ПФР известны решения судов в поддержку как плательщиков, не включающих оплату аренды жилья для работников в базу для начисления страховых взносов <Постановления ФАС СКО от 03.04.2014 № А63-14146/2012, ФАС УО от 26.03.2014 № Ф09-969/14, 13 ААС от 07.05.2013 № А21-10270/2012>, так и проверяющих <Постановление ФАС ЗСО от 21.01.2014 № А45-3787/2013>.
---конец примечания

Теперь что касается признания затрат на аренду жилья для работников в составе налоговых расходов. Если вы не готовы спорить с налоговиками и намерены включать эти суммы в доход работника, то можете учитывать их в составе расходов на оплату труда. Только помните, что доля неденежной части оплаты труда не может превышать 20% месячного заработка <ч. 2 ст. 131 ТК РФ>. При выполнении этого условия расходы на оплату труда принимаются в налоговом учете в сумме затрат и в денежной, и в натуральной форме <подп. 1 п. 2 ст. 346.17 НК РФ>. Если учтете и превышение этого лимита, спор с налоговиками более чем вероятен. Так что в любом случае выгоднее считать оплату аренды жилья для работников компенсацией и списывать эти суммы не как расходы на оплату труда. Проблема в том, что перечень «упрощенных» расходов закрытый. Плательщики налога на прибыль могут списывать такие затраты как прочие расходы, связанные с производством и реализацией <подп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ; Постановление ФАС ЦО от 15.02.2012 № А35-1939/2010>, но у упрощенцев такой возможности нет. Есть вариант учесть затраты как расходы на аренду <подп. 4 п. 1 ст. 346.16 НК РФ>. Такой вывод косвенно следует, в частности, из разъяснений Минфина <Письмо Минфина от 13.12.2012 № 03-11-06/2/145>. При наличии договора аренды, акта приема-передачи квартиры и платежных документов вы можете учитывать эти расходы на дату оплаты арендных платежей <п. 2 ст. 346.17 НК РФ>. Но имейте в виду, что правомерность учета таких затрат в составе «упрощенных» расходов может стать предметом разбирательства с налоговиками.