Все зависит от того, когда вы купили это помещение. Если вы продаете его не досрочно (об этом читайте ниже), тогда в доходы вы включаете выручку на день получения денег от покупателя (п. 1 ст. 346.17 НК РФ). А вот в расходы включать вам нечего.
Если же вы продаете помещение досрочно (п. 3 ст. 346.16 НК РФ):
(или) до истечения 3 лет с момента учета его стоимости в составе расходов при УСНО, если срок полезного использования этого помещения 15 лет и меньше;
(или) до истечения 10 лет с момента приобретения, если срок полезного использования этого помещения свыше 15 лет,
тогда налог при УСНО за весь период с момента учета стоимости помещения в расходах до момента его продажи вам придется пересчитать по тем же правилам, которые применяются при исчислении налога на прибыль.
А это означает, что:
(и) стоимость помещения, учтенную в расходах, теперь надо полностью из расходов исключить;
(и) в расходах по УСНО надо учесть амортизацию. Если речь идет о помещении, приобретенном при УСНО, то амортизация учитывается за период – с месяца, следующего за месяцем ввода помещения в эксплуатацию, по месяц его продажи включительно (п. 4 ст. 259, п. 5 ст. 259.1 НК РФ). Если речь идет о помещении, приобретенном до перехода на УСНО, то амортизация учитывается за период – с месяца начала применения УСНО по месяц его продажи включительно (ведь оно было введено в эксплуатацию на ОСНО, а на УСНО в расходы его остаточная стоимость включается частями (подп. 3 п. 3 ст. 346.16 НК РФ);
(и) в расходах по УСНО можно учесть амортизационную премию в размере либо 30% от первоначальной стоимости помещения (если оно относится к 3-7 амортизационным группам), либо 10% на ваш выбор. Но только если помещение было приобретено в период применения УСНО. Ведь амортизационная премия учитывается в расходах в периоде ввода помещения в эксплуатацию (п. 9 ст. 258 НК РФ).
После внесения всех этих корректировок получится, что за год приобретения помещения и учета его стоимости в расходах при УСНО (за год (годы) учета в расходах остаточной стоимости помещения, приобретенного до УСНО), расходы уменьшились, а налоговая база увеличилась. Поэтому вам придется подать в свою налоговую инспекцию уточненную декларацию по  УСНО, доплатить налог и пени (п. 3 ст. 346.16, п. 1 ст. 81 НК РФ). А вот за последующие годы получается, что сумма расходов за счет учтенной амортизации увеличилась, а налоговая база уменьшилась. Поскольку  в этих периодах недоимки нет, то уточненки можно не подавать, а доучесть всю сумму амортизации в текущем периоде – в году продажи помещения (п. 1 ст. 54, п. 1 ст. 81 НК РФ). Но если вы хотите снизить сумму недоимки и пеней, то можно подать и уточненки.
Что же касается недоамортизированной стоимости помещения (его остаточной стоимости), то налоговики не разрешают учитывать ее в расходах при УСНО. Причем неважно, когда приобретены проданные основные средства: до перехода на упрощенку или после (Письма Минфина от 15.02.2013 № 03-11-11/70, от 04.02.2013 № 03-11-11/50, от 07.07.2011 № 03-11-06/2/105).
Хотя справедливости ради скажем, что есть суды по мнению которых упрощенцы при досрочной продаже основных средств должны применять все положения гл. 25 НК РФ, в том числе и в части уменьшения полученного дохода от реализации основного средства на его остаточную стоимость (Постановления ФАС УО от 14.11.2012 № Ф09-10644/12, от 22.08.2012 № Ф09-7690/12). Но как вы сами понимаете, отстаивать такой подход вам наверняка придется в суде.