В рамках нашей конференции мы не рассматриваем вопросы бухгалтерского учета. С точки зрения учета налогового у вас складывается следующая ситуация:
1.    Вы неправильно сформировали перечень прямых расходов, необоснованно его сократив. В связи с чем за 2011 год и дальнейшие годы вам нужно пересчитать с учетом нового – уточненного перечня прямых расходов:
- стоимость НЗП,
- готовой продукции на складе,
- отгруженной/реализованной продукции.
Также надо пересчитать сумму косвенных расходов за все эти периоды (уменьшив их).
    Свои расчеты лучше оформить в виде новых – уточненных налоговых регистров по расчету НЗП и стоимости готовой продукции (применяемых в вашей организации).
    При этом на конец 2011 года стоимость готовой продукции на складе, судя по представленной вами информации, должна составлять 23539,9 тыс. руб.  Из-за этого вам необходимо уменьшить в 2011 году сумму косвенных расходов на 10 082,7 тыс. руб. На аналогичную сумму увеличится база по налогу на прибыль за этот год (что и явилось причиной претензий со стороны проверяющих).
    Если вы не сделаете перерасчет стоимости незавершенного производства, готовой продукции на складе, отгруженной, но не реализованной, а также реализованной продукции за 2012-2014 годы, то при проверке базы по налогу на прибыль за эти годы инспекция опять может предъявить к вам претензии и оштрафовать вас.

2. Для исправления ошибок, обнаруженных самостоятельно, требуется подать уточненную налоговую декларацию (ст.81 НК РФ). Учитывая, что ошибка за 2011 год выявлена налоговой инспекцией, за этот год уточненную декларацию подавать не нужно.
Исправление ошибок в декларациях за 2012 год и последующие предполагает <ст.81 НК РФ>:
- правильный расчет налоговой базы и самого налога на прибыль,
- доплату налога на прибыль (если требуется),
- уплаты пени (если требуется),
- представление уточненной декларации в инспекцию.
Если в одном или нескольких годах получится так, что налоговая база в результате исправлений уменьшится, вы можете подать заявление на возврат или зачет излишне уплаченного налога <ст.78 НК РФ>.
Исправить выявленную ошибку за каждый из исправляемых периодов в текущем периоде – то есть в итоговой декларации за 2014 год  (без подачи уточненной декларации) можно, только если  <п.1 ст.54 НК РФ>:
- в этом периоде  база по налогу на прибыль была положительная (был налог к уплате),
- в результате корректировки базы этого периода сумма налога должна быть уменьшена (т.е. надо было признать больше расходов, чем раньше).
В этом случае в текущем периоде можно просто признать дополнительную сумму расходов.

3. Помимо исправленных налоговых регистров, при исправлении допущенных ошибок лучше оформить также бухгалтерскую справку-расчет, в которой надо объяснить, что вы исправляете, как и почему.