Действительно, существует правило о том, что при сроках временной нетрудоспособности, превышающих 15 календарных дней, листок нетрудоспособности выдается и продлевается по решению врачебной комиссии.
Но это правило касается только листков по заболеваниям и травмам <п. 11 Порядка, утв. Приказом Минздравсоцразвития России от 29.06.2011 N 624н,  ч. 3 ст. 59 Закона от 21.11.2011 № 323-ФЗ>. Для листков по беременности и родам оно не может действовать хотя бы потому, что срок, на который выдается такой листок, заведомо, уже в силу закона <ст. 255 ТК>, превышает 15 дней.
Поэтому для листков по беременности и родам есть специальное правило: экспертизу «декретной» временной нетрудоспособности проводит единолично лечащий врач <ч. 3.1 ст. 59 Закона от 21.11.2011 № 323-ФЗ>. Он и выдает листок и на основные «декретные» дни, и на дополнительные 16 дней <п. 46, 48 Порядка>. Эти 16 дней  не являются новым страховым случаем, это – продолжение уже наступившего страхового случая, т.е. отпуска по беременности и родам <ст. 255 ТК, п. 2 ч. 2 ст. 1.3, ч. 1 ст. 10 Закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ, ст. 7 Закона от 19.05.1995 N 81-ФЗ>.
Поэтому вы не только вправе, но и обязаны:
– принять такой листок;
– в течение 10 календарных дней с момента представления вам работницей листка и заявления о предоставлении ей дополнительных 16 дней <ст. 255 ТК, ч. 5 ст. 13 Закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ> назначить ей пособие и выплатить его в ближайший день, установленный для выплаты зарплаты <ч. 1 ст. 15 Закона от 29.12.2006 № 255-ФЗ>.
Оставить без оплаты предъявленный вам больничный с достоверными сведениями вы не имеете права <ст. 255 ТК РФ; п. 3 ч. 2 ст. 4.1, п. 1 ч. 1, п. 1 ч. 2 ст. 4.3, ч. 5 ст. 13 Закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ>.
Проблем при проведении фондом проверки не должно быть. Есть письмо ФСС, в котором подчеркивается, что требования его территориальных органов и страхователей о постановке в листке по беременности и родам подписи председателя врачебной комиссии, в том числе при осложненных родах, – необоснованные <п. 1  Письма ФСС от 23.12.2011 N 14-03-11/15-16055>.

О том, как рассчитать пособие по листку на дополнительные 16 дней, можно прочитать в ГК 2013 № 20 стр. 65.