Право на освобождение от НДС утрачивается, если в периоде освобождения <п. 5 ст. 145 НК РФ>:
<или> выручка за любые 3 следующих друг за другом календарных месяца превысила 2 млн руб. (а не за весь период освобождения);
<или> продавались только подакцизные товары;
<или> продавались подакцизные товары вместе с неподакцизными, и при этом не велся раздельный учет.
При утрате права на освобождение вы должны начать начислять НДС с полученных авансов и стоимости отгруженных товаров (работ, услуг). Делать это надо, начиная с 1-го числа месяца (а не квартала), с которого вы утратили право на освобождение. НДС надо начислить и по товарам (работам, услугам), отгруженным в этом месяце, и авансам, полученным в этом месяце, еще до того, как вы узнали об утрате права на освобождение <Письмо Минфина от 06.05.2010 N 03-07-14/32>.
Соответственно, с этого же месяца вы можете принимать НДС к вычету <п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ>.
Более того, при наличии счетов-фактур поставщиков вы можете принять к вычету входной НДС по товарам (работам, услугам), которые приобретены в период освобождения, но будут использованы в облагаемых НДС операциях (проданы) уже после утраты права на него <п. 8 ст. 145 НК РФ>. Правда, Минфин считает, что это правило не распространяется на основные средства, принятые к учету в период освобождения <Письмо Минфина от 06.09.2011 N 03-07-11/240>. А значит принимать к вычету входной НДС по таким ОС рискованно.