Если ваша организация выдала физлицу беспроцентный заем, то независимо от того, является ли физлицо вашим работником (в т.ч. директором) либо учредителем, у него возникает облагаемый НДФЛ доход в виде материальной выгоды от экономии на процентах <подп. 1 п. 1, п. 2 ст. 212, , п. 1 ст. 210 НК>.

С 01.01.2016 этот доход считается полученным в последний день каждого месяца срока, на который предоставлен заем <подп. 7 п. 1 ст. 223 НК>.

Поэтому ваша организация как налоговый агент <п. 1 ст. 226 НК> должна на конец каждого месяца в течение этого срока рассчитывать сумму материальной выгоды, исчислять с нее НДФЛ и:

<и> удерживать налог из любых других выплачиваемых этому физлицу доходов, перечислять его в бюджет <п. 1, 3, 4, 6 ст. 226 НК>, сдать по окончании года в инспекцию справку 2-НДФЛ <п. 2 ст. 230 НК>;

<и> если других доходов вы не выплачиваете или для удержания НДФЛ их не хватает, по окончании года сообщить инспекции о невозможности удержать налог <п. 5 ст. 226 НК>.

В 2016 году на последний день каждого месяца в течение срока, на который предоставлен беспроцентный заем в рублях, выгода рассчитывается исходя из 2/3 ключевой ставки ЦБ (к ней приравнена ставка рефинансирования ЦБ <Указание ЦБ от 11.12.2015 N 3894-У>), действующей на конец этого месяца <п. 2 ст. 212 НК>.