Если у вас все сотрудники (двое рабочих и директор) работают именно в обособленном подразделении и получают доходы от этого подразделения, тогда НДФЛ с доходов этих работников нужно перечислять по месту нахождения этого ОП (п. 7 ст. 226 НК РФ, Письма ФНС от 30.12.2015 № БС-4-11/23300@, от 22.12.2015 № БС-4-11/22477, Минфина от 19.11.2015 № 03-04-06/66970, 20.12.2011 № 03-04-06/3-352). 

При этом при перечислении НДФЛ в бюджет в платежном поручении надо указать (Письмо ФНС от 12.03.2014 № БС-4-11/4431@):

- КПП, присвоенный этому ОП при постановке на учет в инспекции;

- код ОКТМО по месту нахождения ОП.

Тогда и справки 2-НДФЛ на каждого работника, получившего доходы от ОП, предоставляются в ИФНС по месту учета ОП (п. 2 ст. 230 НК РФ, Письма ФНС от 30.12.2015 № БС-4-11/23300@). В этих справках вы должны указать КПП и ОКТМО этого ОП (раздел III Порядка заполнения справки, утв. Приказом ФНС от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@).

Если же у вас директор получает доходы от головного подразделения (ООО), а не от ОП, тогда НДФЛ с его доходов нужно перечислять по месту нахождения головного подразделения. При этом при перечислении НДФЛ в бюджет в платежном поручении надо указать:

- КПП, присвоенный ООО при постановке на учет в инспекции;

- код ОКТМО по месту нахождения ООО.

Тогда и справку 2-НДФЛ на директора, получившего доходы от ООО, надо представить в ИФНС по месту учета ООО. И в этой справке вы должны указать КПП и ОКТМО ООО.

Причем тот факт, что и головное подразделение (ООО) и ОП состоят на учете в одной ИФНС для целей перечисления НДФЛ и представления отчетности по налогу никакого значения не имеет (п. 7 ст. 226 НК РФ, Письма ФНС от 30.12.2015 № БС-4-11/23300@, Минфина от 19.11.2015 № 03-04-06/66970).