При наличии ОП организация должна платить НДФЛ с доходов сотрудников этих подразделений по месту их нахождения <п. 7 ст. 226 НК РФ>.

Датой постановки на учет в налоговом органе организации по месту нахождения ОП (не филиала или представительства) является дата его создания, указанная в Сообщении о создании ОП <п. 6 Порядка, утв. Приказом Минфина от 05.11.2009 N 114н; Письмо ФНС РФ от 03.09.2010 N МН-37-6/10623@>. Таким образом, если в Сообщении о создании обособленного подразделения в качестве даты создания ОП вы указали 16.12.2015, то получается, что уже за декабрь НДФЛ за сотрудников этого подразделения нужно было платить по месту нахождения последнего.

С 2016 года организации, имеющие ОП, должны представлять формы 2-НДФЛ и 6-НДФЛ в отношении доходов сотрудников этих подразделений по месту учета таких ОП <п. 2 ст. 230 НК РФ>. До 2016 года действовал такой же порядок представления справок 2-НДФЛ <см., например, Письма Минфина от 06.02.2013 N 03-04-06/8-35; ФНС от 30.05.2012 N ЕД-4-3/8816@>.

Таким образом, справки 2-НДФЛ за 2015 год в отношении сотрудников ОП вам нужно представить в налоговую по месту учета ОП.

В результате у вас фактически возникнет излишне уплаченный НДФЛ по месту нахождения головной организации и недоимка по НДФЛ по месту нахождения ОП.

Поскольку вы удержали НДФЛ и перечислили его своевременно и в полном объеме, оснований для привлечения организации к налоговой ответственности по ст. 123 НК РФ нет <Минфина от 10.10.2014 N 03-04-06/51010>. Такой вывод согласуется с позицией ВАС <Постановление Президиума ВАС РФ от 24.03.2009 N 14519/08>. Нет также оснований для начисления пени <Письмо ФНС России от 07.04.2015 N БС-4-11/5717@>.

В общем-то, налоговая, обнаружив у агента недоимку и переплату по НДФЛ, возникшие в результате нарушения порядка перечисления налога, должна будет самостоятельно произвести зачет (пп. 1, 5, 14 ст. 78 НК РФ; Постановление ФАС Северо-Западного округа от 30.07.2012 по делу N А56-48850/2011). Однако как будут обстоять дела на практике, сказать сложно. Поэтому, лучше не надеяться на налоговую, а действовать самим. Как именно - зависит от того, где находится ОП:

<если> ОП и головная организация находятся в одном субъекте РФ - подайте заявление об уточнении платежа, исправив КПП и ОКТМО (п. 7 ст. 45 НК РФ);

<если> ОП и головная организация находятся в разных субъектах РФ - подайте заявление о проведении зачета (пп. 4, 14 ст. 78 НК РФ).