Действительно, как ранее разъясняли контролирующие ведомства, ИП, которые состоят на налоговом учете в качестве плательщиков ЕНВД, должны были платить НДФЛ и подавать справки 2-НДФЛ в отношении доходов работников, занятых во "вмененной" деятельности, по месту учета ИП в качестве плательщика ЕНВД <см., письма Минфина от 28.08.2012 N 03-04-05/8-1007, от 02.11.2011 N 03-04-05/3-839, ФНС от 07.04.2010 N ШС-17-3/50@>. С 2016 года такой порядок уплаты НДФЛ и представления отчетности ИП - плательщиками ЕНВД прямо закреплен в гл. 23 НК РФ <п. 7 ст. 226, п. 2ст. 230 НК РФ>.
Таким образом, справку 2-НДФЛ за 2015 год на сотрудника, занятого во "вмененной" деятельности, вам нужно подать в налоговую по месту учета в качестве плательщика ЕНВД.
Что же касается суммы НДФЛ, ошибочно перечисленной по месту жительства, то вы можете поступить так:
<если> вы ведете "вмененную" деятельность в том же субъекте РФ, где проживаете - подайте заявление об уточнении платежа (п. 7 ст. 45 НК РФ);
<если> вы проживаете в одном субъекте РФ, а в качестве плательщика ЕНВД поставлены на учет в другом - тогда вы можете подать заявление о проведении зачета (пп. 4, 14 ст. 78 НК РФ).