Если вы не относитесь к крупнейшим налогоплательщикам, то справки 2-НДФЛ на каждого работника за 2015 год вам надо представить в инспекцию по месту учета организации, то есть в вашем случае – в московскую ИФНС <п. 2 ст. 230 НК РФ>.
Однако заметим, что если ваши работники не только проживают, но и фактически трудятся в Самарской области, то значит, у вас есть обособленное подразделение <п. 2 ст. 11 НК РФ>, по месту которого вы должны встать на учет в налоговом органе <п. 1 ст. 83 НК РФ>. В этом случае справки 2-НДФЛ по работникам ОП надо представлять в ИФНС по месту учета обособленного подразделения <п. 2 ст. 230 НК РФ>.