Стандартный налоговый вычет на детей предоставляется работнику при определении налоговой базы по НДФЛ за каждый месяц календарного года на основании его заявления (пп. 4 п. 1 ст. 218, п. 3 ст. 218 НК РФ).

Если работник трудится у вас с января и при этом он имеет право на получение «детских» вычетов, то вы можете предоставить ему вычет с начала года (с января), независимо от месяца, в котором он подал заявление (п. 1 Письма Минфина от 18.04.2012 N 03-04-06/8-118). То есть в ноябре вы должны были сделать перерасчет налога с начала года с учетом вычетов, положенных работнику с января.

В случае если вы не предоставили вашему работнику вычеты за январь-октябрь (как мы поняли, речь идет о 2015 г.), перерасчет НДФЛ за прошедший год в текущем 2016 году вам делать уже не надо.

Получить «прошлогодние» вычеты работник сможет в налоговой инспекции по месту своего жительства на основании декларации по форме 3-НДФЛ и соответствующих документов, подтверждающих право на данный вычет (п.4 ст.218 НК РФ, Письмо УФНС по г. Москве от 29.11.2013 N 20-14/124134@).