В данном случае имеет место коллизия двух норм НК.

С одной стороны, ИФНС обязана выдать вам подтверждение в срок, не превышающий 30 календарных дней со дня подачи вашего заявления и документов, подтверждающих право на вычет (п.8 ст. 220 НК РФ).  

С другой стороны, для выдачи уведомления инспекция в данном случае должна проверить декларацию за 2015 г. и убедиться в правильности исчисления остатка имущественного вычета, переходящего на 2016 год. А срок камеральной проверки декларации – три месяца со дня ее представления (п. 2 ст. 88 НК РФ).

Что можно сделать? Как минимум обжаловать бездействие должностных лиц ИФНС, не принявших у вас заявление о подтверждении вычета, в вышестоящую УФНС (п.2 ст. 138 НК РФ). Ведь оснований для отказа в приеме такого заявления в НК нет в принципе. Если бы они приняли его, то сократили бы срок вашего ожидания хотя бы на месяц. 

Что касается самого подхода (о необходимости проверки декларации), то его обжаловать вряд ли имеет смысл. Представляется, что УФНС в этом вопросе поддержит инспекцию. Если после отказа УФНС вы пойдете в суд, то здесь шансов больше – все противоречия НК должны толковаться в пользу налогоплательщика (п.7 ст. 3 НК РФ). 

Однако в будущем данная проблема не будет возникать, и именно благодаря судам. Не так давно ВС разрешил работодателям возвращать работникам НДФЛ, удержанный в текущем году до момента представления уведомления из ИФНС (п.15 Обзора, утв. Президиумом ВС РФ 21.10.2015). ФНС уже проинформировала налоговиков на местах о позиции ВС (письмо ФНС от 25.12.2015 N БС-4-11/22869@), одновременно отозвав ранее данное разъяснение по этому вопросу (Письмо ФНС от 22.12.2010 N ШС-37-3/18221@).

Таким образом, подавать декларацию в 2017 году, чтобы получить вычет за месяцы, предшествующие представлению уведомления работодателю в 2016 году, вам уже не понадобится. Если вы принесете уведомление не в первом месяце 2016 года, то работодатель сможет пересчитать налог с начала года.