НДФЛ, относящийся к 2015 г., нужно показать в справке 2-НДФЛ за 2015 г, даже если он перечислен в 2016 г. В результате того, что вы предоставили работнику вычет, до того как он представил подтверждающие право на вычет документы, у него образовался долг по НДФЛ за 2015 г. Но поскольку вы выявили ошибку, сообщили работнику, пересчитали налог и доудержали его из дохода работника с его согласия и перечислили в бюджет до подачи справки 2-НДФЛ за 2015 г. (не позднее 01.04.2016 г. <п. 2 ст. 230 НК РФ>), то показывать в ней ошибку не нужно. Ведь на момент представления справки сумма исчисленного, удержанного и перечисленного налога будут совпадать. По этой же причине не нужно отражать исправление ошибки за 2015 г. в отчетности за 2016 г.
Однако тот факт, что вы все исправили до прихода к вам налоговиков на проверку, к сожалению, не спасет вас от пеней за несвоевременное перечисление НДФЛ за период с момента, когда вы должны были удержать и перечислить налог в бюджет, и по день его перечисления в бюджет в январе 2016 г. А также не спасет от штрафа за несвоевременное перечисление НДФЛ < статьи 75, 123 НК РФ>. Ведь, как разъяснил Минфин, освобождение от штрафа в таком случае просто не предусмотрено НК < Письмо Минфина от 16.02.2015 N 03-02-07/1/6889>. Но вы можете попытаться снизить штраф, мотивировав это тем, что смягчающими обстоятельствами у вас являются самостоятельное исправление ошибки и доплата налога и пени < подп. 3 п. 1 ст. 112, п. 3 ст. 114 НК РФ >.