Как можно предположить из Вашего вопроса, работник, чьим постоянным местом работы согласно трудовому договору является Иркутск, часто вылетает в командировки из Москвы. В таком случае учитывать в составе расходов его затраты на проезд и проживание можно, но советуем прописать возможность выезда в командировку не из места (а также возвращения не к месту) постоянной работы в Положении о командировках или ином локальном нормативном акте вашей организации.
Дело в том, что формально днем выезда в командировку считается дата отправления транспортного средства от места постоянной работы командированного, а днем приезда из командировки - дата прибытия транспортного средства в место постоянной работы (п. 4 Положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749, далее – Положение). Налоговый кодекс также говорит, что в состав прибыльных расходов включаются расходы на проезд к месту командировки и обратно к месту постоянной работы (подп.12 п.1 ст. 264 НК РФ).
При этом есть разъяснения Минфина о том, что организация вправе учесть расходы на проезд в командировку из места проведения работником отпуска (Письма Минфина России от 16.08.2010 N 03-03-06/1/545, от 08.12.2010 N 03-03-06/1/762). А в части НДФЛ Минфин высказался еще шире: в НК «не содержится ограничений в отношении освобождения от налогообложения сумм возмещения расходов на проезд командированных сотрудников в зависимости от места, из которого осуществляется направление их в командировку» (Письмо Минфина от 16.10.2015 N 03-04-06/59443).
Из чего можно сделать вывод, что требование о выезде из места постоянной работы не должно рассматриваться налоговиками как императивное в плане налогового учета.
Данную позицию можно подкрепить и нормативно. Так, вопрос о явке работника на работу в день выезда в командировку и в день приезда из командировки решается по договоренности с работодателем (п.4 Положения). А фактический срок пребывания работника в командировке определяется по проездным документам (п.7 Положения). Таким образом, если работодатель не против, работник может выехать и из другого места нахождения.
Кроме того, перечень налоговых расходов на командировки не закрыт (подп. 12 п.1 ст. 264 НК РФ). Следовательно, можно учесть и иные расходы, если они обоснованны и подтверждены документально (п.1 ст. 252 НК РФ). В случае разногласий с проверяющими вам поможет и Положение о командировках, в котором будет прописана такая возможность. Ведь в ТК прямо сказано, что порядок и размеры возмещения командировочных расходов определяются коллективным договором или локальным нормативным актом (ст. 168 ТК РФ).