В вашем случае важно экономически обосновать расходы на выкуп дополнительных мест в купе для руководителя. Это можно сделать, в частности, следующим образом. 

Закрепите в локальном нормативном акте компании (например, в Положении о командировочных расходах), что:

(и) для проезда сотрудников к месту командировки и обратно могут приобретаться билеты в вагонах различного уровня комфортности;

(и) при направлении в командировку руководства организации для него могут выкупаться купе целиком. Обоснованием могут служить следующие факторы:

(и) необходимость работать в поезде и создание для этого определенных условий;

(и) обеспечение безопасности и сохранности перевозимых документов;

(и) создание условий для полноценного отдыха и сна ввиду напряженной работы в командировке.

В этом случае стоимость трех лишних мест <Постановление ФАС СЗО от 02.11.2010 № А56-6808/2010>:

(и) можно учесть в «прибыльных» расходах. Ведь организация сама определяет порядок и размеры возмещения расходов, связанных с командировками своих работников, в коллективном договоре или локальном нормативном акте <ст. 168 ТК РФ, п. 11, 24 Положения, утв. Постановлением Правительства от 13.10.2008 N 749>. То есть нигде не установлено пределов по суммам расходов на проезд. Да и Минтруд разъяснял, что организация не обязана оплачивать всем работникам организации командировочные расходы в одинаковом размере. Для лиц, занимающих разные должности, их набор и размер может отличаться <Письмо Минтруда от 14.02.2013 N 14-2-291 (п. 3)>. Кстати, и НДС со стоимости всех четырех билетов вы сможете принять к вычету <п. 7 ст. 171 НК РФ>;

(и) не облагается НДФЛ и страховыми взносами, так как цена всех мест в купе будет относиться к расходам директора на проезд <п. 3 ст. 217 НК РФ, ч. 2 ст. 9 Закона от 24.07.2009 N 212-ФЗ>.