Все расходы на командировку работник должен указать в авансовом отчете и приложить к нему документы, которые эти расходы подтверждают (п. 11, 21, 26 Положения о командировках, утв. Постановлением Правительства от 13.10.2008 № 749). 

Чтобы без проблем учесть при налогообложении расходы на наем жилья в командировке, нужно иметь (п. 1 ст. 252, подп. 12 п. 1 ст. 264, п. 3 ст. 217 НК РФ, Письма Минфина от 15.01.2016 № 03-03-07/803, от 16.02.2009 № 03-03-05/23, УФНС  по г. Москве от 24.05.2012 № 16-15/045924@):

(или) договор аренды квартиры и любой документ об оплате (например, расписку, подтверждающую, что арендодатель получил деньги, выписку о списании денег с карточного счета работника и т.п.);

(или) договор аренды квартиры, в котором указано, что оплата по договору произведена. 

При наличии же только одного договора аренды квартиры, в котором лишь указана стоимость платы за проживание, но без документа, подтверждающего оплату этих расходов, учитывать расходы рискованно. 

Налоговики при проверке могут расценить эти расходы как неподтвержденные и в результате (Письма Минфина от 28.04.2010 № 03-03-06/4/51, от 14.09.2009 № 03-03-05/169, ФНС России от 25.11.2009 № МН-22-3/890):

(и) исключить сумму, указанную в договоре аренды квартиры, из «прибыльных» расходов; 

(и) посчитать эту сумму доходом работника, если вы ее ему возместите. При этом НДФЛ с неподтвержденных  документами расходов на проживание доначисляется только с суммы, превышающей 2500 руб. в день (п. 3 ст. 217 НК РФ). Если же расходы на проживание укладываются в этот норматив, то доначисление НДФЛ работнику не грозит.  

Кроме того, проверяющие из фондов на сумму возмещенных расходов, превышающую 2500 руб. в день, могут доначислить страховые взносы (ч. 2 ст. 9 Закона от 24.07.2009 № 212-ФЗ, Письма Минтруда от 03.07.2015 № 17-3/В-326).