Да, вы правы. Если работник при поступлении на работу предъявил военный билет, то работодатель не имеет права отказать ему в приеме на работу, если в нем нет отметок о снятии и постановке на учет по месту пребывания (жительства). Ведь отсутствие регистрации по месту жительства или пребывания не может являться основанием для отказа в приеме на работу, т.к. не связано с деловыми качествами работника <ст.ст. 3, 64 ТК РФ, п. 10 Постановления Пленума ВС РФ от 17.03.2004 № 2>.

Вместе с тем вы должны в 2-х недельный срок сообщить в военный комиссариат сведения о приеме на работу этого сотрудника и отсутствии в его военном билете отметок о снятии и постановке на учет по месту пребывания (жительства). Также вам необходимо оповестить нового работника о необходимости явки в комиссариат для уточнения необходимых сведений <подп. «а» п. 32 Положения, утв. Постановлением Правительства от 27.11.2006 № 719>. За несообщение таких сведений военный комиссариат может оштрафовать руководителя организации или работника, ответственного за военно-учетную работу на сумму от 300 до 1000 руб. <ч. 3 ст. 21.4, ст. 23.11 КоАП РФ>.