Датой получения доходов в виде отпускных и пособий по больничным считается день их выплаты, и на эту дату нужно исчислить и удержать НДФЛ <подп.1 п.1 ст.223, п.3, п.4 ст.226 НК РФ>. А перечислить в бюджет этот НДФЛ нужно не позднее последнего числа месяца, в котором производились такие выплаты <п.6 ст. 226 НК РФ>. 

Таким образом, суммы выплаченных больничных и отпускных, исчисленного и удержанного налога вам нужно отразить в строках 020, 040 и 070 раздела 1 формы 6-НДФЛ за 2016 год. 

В разделе 2 больничные и отпускные нужно показать в том периоде, когда соответствующая операция согласно НК РФ завершена <Письмо ФНС от 15.12.2016 N БС-4-11/24063@>. По нормам НК РФ крайний срок перечисления налога для указанных декабрьских выплат – 09.01.2017 г. <п. 7 ст. 6.1 НК РФ>. То есть операция по выплате больничных и отпускных завершена в I квартале 2017 года. А значит, и отразить ее нужно в разделе 2 формы 6-НДФЛ за I квартал 2017 года, указав:

- по строке 100 «Дата фактического получения дохода»   дату выплаты пособий и отпускных;

- по строке 110 «Дата удержания налога»   эта дата у вас совпадет с днем выплаты больничных и отпускных;

- по строке 120 «Срок перечисления налога»   09.01.2017;

- по строкам 130, 140   соответствующие суммы доходов и НДФЛ.