В форме 6-НДФЛ начисленную, но невыплаченную зарплату отразите только в разделе 1: сумму зарплаты покажите по строке 020, исчисленный с нее налог – по строке 040. А вот в строки 070 и 080 ее не включайте. В строке 070 сумма удержанного налога появится только в том отчетном периоде, в котором будет выплачена зарплата и налог будет удержан <Письма ФНС от 24.05.2016 N БС-4-11/9194, от 16.05.2016 N БС-4-11/8609, от 25.04.2016 N 11-2-06/0333@>.

Если на момент сдачи справок 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год зарплата за октябрь еще не будет выплачена, то:

<и> в разделе 3 отразите зарплату с кодом 2000 в октябре, т.к. датой фактического получения дохода в виде зарплаты считается последний день месяца, за который она начислена <п. 2 ст. 223 НК>;

<и> в разделе 5 включите ее в графу «Общая сумма дохода», а исчисленный с нее налог – в графы «Сумма налога исчисленная» и «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом». А вот в графу «Сумма налога удержанная» этот налог не включайте. 

Справку 2-НДФЛ с признаком «2» на эти суммы не сдавайте. После того, как ваше руководство найдет возможность погасить долг по зарплате и при ее выплате вы удержите и перечислите налог, вам нужно будет сдать уточненные справки 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год <Письмо ФНС от 02.03.15 № БС-4-11/3283, от 03.02.2012 № ЕД-4-3/1692@>.

Если к моменту сдачи справок 2-НДФЛ с признаком «1» за 2016 год зарплата уже будет выплачена, налог из нее будет удержан и заплачен, то включайте его сумму в  графу «Сумма налога удержанная».