Формально НК не позволяет вам удержать этот налог при выплате зарплаты в январе 2017 г.
В целях НДФЛ дата фактического получения дохода в виде сверхнормативных суточных по авансовым отчетам, утвержденным в декабре 2016 года, – это 31.12.2016 <подп. 6 п. 1 ст. 223 НК>. На эту же дату следовало исчислить с них НДФЛ <Письма Минфина от 25.11.2016 N 03-04-05/69825, от 01.11.2016 N 03-04-06/64006>.
Строго по НК удержать этот налог можно только из доходов, выплачиваемых физлицу в этот же день, т.е. 31 декабря. Если в этот день ничего не выплачивалось, то из выплат января 2017 года удерживать налог было нельзя, т.к. это уже следующий налоговый период. Нужно сообщить инспекции о невозможности удержать налог (сдать справку 2-НДФЛ с признаком «2»). Физлицо должно будет заплатить налог самостоятельно.
Именно такие разъяснения дала ФНС применительно к другому виду дохода, который тоже считается полученным 31 декабря, – матвыгоде от экономии на процентах по займу за декабрь <Письмо ФНС от 27.01.2017 г. № БС-4-11/1373@>. В 6-НДФЛ за 2016 год ФНС в этом случае рекомендовала показать доход по строкам 020, 040 и 080 раздела 1, а в разделе 2 не отражать.
Дело в том, что налоговый агент обязан сообщить ИФНС о невозможности удержать налог в том случае, если его невозможно удержать в течение налогового периода <п. 5 ст. 226 НК>. В вашем случае налоговый период – 2016 год – истекает уже на ту дату, в которую доход считается полученным, т.е. на 31.1.2016.
--- Примечание. Аналогия с зарплатой за декабрь, которая в целях НЛФЛ тоже считается полученной 31 декабря <п. 2 ст. 223 НК> и налог из которой удерживается даже при выплате ее в январе, тут не работает. Потому что в случае с зарплатой налог удерживается из того же дохода, с которого исчислен, а в случае со сверхнормативными суточными – из другого дохода.---
Однако в вашем случае налог уже был удержан и перечислен при выплате зарплаты в январе. Вполне вероятно, что вашу ИФНС это вполне устроит и она не станет предъявлять вам какие-либо претензии. По крайней мере, в похожем случае Минфин решил не усложнять физлицам уплату НДФЛ и выпустил письмо о том, что удержать НДФЛ должен налоговый агент <Письмо Минфина 14.12.2016 N 03-04-06/74732> (подробности – в ГК 2017 № 4 на стр. 19).
В такой ситуации в расчете 6-НДФЛ за 2016 год вам нужно отразить декабрьские сверхнормативные суточные в разделе 1 по строкам 020 и 040 без отражения исчисленного с них налога в строке 070. А в форме 6-НДФЛ за I квартал 2017 года включить декабрьские сверхнормативные суточные в раздел 2 формы, а в разделе 1 показать только удержанный с них налог в строке 070. То есть действовать по аналогии с отражением зарплаты за декабрь, выплаченной в январе <Письма ФНС от 05.12.2016 № БС-4-11/23138@, от 01.07.2016 № БС-4-11/11886@, от 02.11.2016 № БС-4-11/20829@, от 24.10.2016 № БС-4-11/20126@, от 09.08.2016 № ГД-4-11/14507 (п. 2)>.
Подробнее об этом написано в ГК 2017 № 4 на стр. 79.