По мнению Минфина, рассрочка платежа означает предоставление покупателю коммерческого кредита, в связи с чем у него возникает материальная выгода от экономии на процентах (письмо Минфина России от 18.03.2016 N 03-04-06/15118). На наш взгляд, это не всегда так, но если вы не готовы спорить, то нужно рассчитывать НДФЛ и отражать его в расчете по форме 6-НДФЛ.

Датой получения доходов в виде материальной выгоды от экономии на процентах считается последний день каждого месяца срока, на который были предоставлены заемные (кредитные) средства (подп.7 п.1 ст. 223 НК РФ). Следовательно, с месяца перехода квартиры в собственность физического лица вы должны были (подп. 1 п. 1 ст. 212, п. 2 ст. 224 НК РФ)

(и)  рассчитывать материальную выгоду на последнее число каждого месяца пользования рассрочкой; 

(и) исчислять с матвыгоды НДФЛ по ставке 35%;

(и) указывать сумму матвыгоды и исчисленного налога в расчете 6-НДФЛ по строкам 020, 040 и 080 раздела 1 и по строкам 100-140 раздела 2 (письмо ФНС от 23.11.2016 N БС-4-11/22246@).  

Поскольку этого сделано не было, то нужно сдать уточненные расчеты 6-НДФЛ за те периоды 2016 года, когда покупатель пользовался рассрочкой (п.4 ст. 226 НК РФ, письма ФНС от 15.12.2016 N БС-4-11/24062@, от 21.09.2016 N БС-4-11/17756@).

Кроме того, нужно направить форму 2-НДФЛ (п.7 ст. 6.1, п.2 ст. 230, п. 5 ст. 226 НК РФ, раздел II Порядка (Приложение N 2 к приказу ФНС России от 30.10.2015 N ММВ-7-11/485@), письмо ФНС России от 30.03.2016 N БС-4-11/5443):

(и) с признаком 1 – в свою ИФНС не позднее 03.04.2017; 

(и) с признаком 2 – покупателю и в свою ИФНС не позднее 01.03.2017.