Как произвести зачет по перерасходу в ФСС

Да, можете. Подробно о действующей сейчас процедуре зачета и возврата сумм превышения расходов на выплату пособий над начисленной суммой взносов на ВНиМ читайте в ответе на вопрос «Зачет больничного листа в счет взносов и возврат переплаты».
Кроме того, сообщаем, что представитель ФНС в интервью в нашем журнале подтвердил, что если по состоянию на 31.03.2017г. у организации расходы на выплату пособий превысили исчисленные за I квартал взносы на ВНиМ и уже известно, что сумма превышения перекроет, к примеру, суммы взносов и за апрель, и за май, то  можно не перечислять суммы взносов по срокам 15.05.2017 и 15.06.2017 (ГК, 2017, № 9, с. 11).