Организация может принять к вычету НДС по транспортным услугам после принятия их на учет при наличии счета-фактуры, выставленного транспортной компанией <п. 1 ст. 172 НК РФ>. Экспедиторская расписка не упомянута в Налоговом кодексе как документ, необходимый для применения НДС-вычета.
Но экспедиторская расписка подтверждает факт оказания транспортных услуг. Она относится к числу экспедиторских документов, являющихся неотъемлемой частью договора экспедиции. Однако стороны договора транспортной экспедиции могут договориться об использования иных экспедиторских документов (п. п. 5, 6, 7 Правил, утв. Постановлением Правительства от 08.09.2006 N 554).
Так что само по себе отсутствие экспедиторской расписки еще не говорит о нереальности хозяйственной операции и не может служить основанием для отказа в предоставлении вычета НДС. Но, разумеется, если имеются другие документы, подтверждающие факт перевозки. К примеру, акт приема-передачи выполненных работ, оказанных услуг и их оплаты <Постановление ФАС СЗО от 21.10.2013 № А56-50437/2012>.
Если же у вас нет ни экспедиторской расписки, ни иных первичных документов, которые могут подтвердить перевозку, то инспекция может отказать в вычете НДС по причине получения необоснованной налоговой выгоды и нереальности хозяйственной операции <ст.54.1 НК РФ>.