Проще говоря, ваша компания хочет установить доплаты до фактического оклада сотрудникам за дни нахождения на больничном, в производственной командировке либо в ежегодном оплачиваемом отпуске. И она вправе это сделать.

Но чтобы такие доплаты можно было учесть в расходах (как при ОСН, так и при УСН), нужно, чтобы они были предусмотрены <п. 25 ст. 255, подп. 6 п. 1, п. 2 ст. 346.16 НК РФ; Письма Минфина от 26.11.2015 N 03-03-06/1/68801, от 28.04.2014 N 03-03-06/1/19699, от 08.12.2015 N 03-04-06/71450>:

(или) в локальном нормативном акте компании;

(или) в трудовых договорах с сотрудниками либо в допсоглашениях к таким договорам.

То есть в этих документах надо закрепить, в каких случаях работодатель доплачивает сотрудникам до оклада.

Очевидно, что если такие доплаты вводятся в отношении всех или большинства сотрудников (за каким-то исключением, к примеру, не полагаются доплаты тем, кто проработал в компании меньше года), то логичнее предусмотреть их в ЛНА, например, в Положении об оплате труда. Не забудьте, что с этим ЛНА (либо с его обновленной редакцией) надо под роспись ознакомить всех сотрудников, которых этот локальный акт затрагивает.

Если же доплаты будут положены лишь отдельным работникам, тогда проще заключить с каждым из них допсоглашение к трудовому договору.

Хотим также напомнить, что такие доплаты облагаются страховыми взносами и НДФЛ <ст. 209, п. 1 ст. 210, подп. 1 п. 1 ст. 420 НК РФ>.