Как мы понимаем, у вас заключен ученический договор. Стипендии, выплачиваемые организацией по ученическому договору:

<и> облагаются НДФЛ, поскольку это доход физлица (который не является стипендией, выплачиваемой образовательным учреждением) <Письмо Минфина от 07.05.2008 N 03-04-06-01/123 (п.2)>; 

<и> не облагаются страховыми взносами, поскольку ученический договор не является трудовым или гражданско-правовым договором <ст. 56, 198, 199 ТК РФ; Письмо Минтруда от 26.02.2015 N 17-3/В-83; п. 1 ст. 420 НК РФ, п. 1 ст. 20.1 Закона от 24.07.1998 N 125-ФЗ >.

Ученический договор может быть заключен как с работником организации, так и с лицом, ищущим работу <ст. 198 ТК РФ>. Поэтому решение о приеме учащегося в штат организации остается за вами (например, на основе итогов обучения). Только имейте в виду, что включить стипендию в «прибыльные» расходы вы можете, если:

<и> ученик - ваш работник, то в периоде ее выплаты;

<и> ученик-соискатель, только если вы примете его на работу (в периоде оформления трудового договора) <Письмо Минфина от 26.03.2015 N 03-03-06/1/16621>.