Действительно, новые правила исчисления пеней применяются в отношении недоимки, образовавшейся начиная с 01.10.2017 (п.4 ст. 75 НК РФ, п. 9 ст. 13 Закона от 30.11.2016  N 401-ФЗ). Таким образом, если ваша недоимка по НДС образовалась ранее 01.10.2017, то должны применяться прежние правила расчета пеней. Это подтверждает и Минфин (письмо от 18.07.2018 № 03-02-08/50219).

Дата принятия решения по результатам проверки является датой выявления недоимки (п.8 ст. 101 НК РФ), а не датой ее образования. Дата выявления имеет принципиальное значение для исчисления срока направления налогоплательщику требования об уплате налога (ст. 70 НК РФ).  

Что касается образования недоимки, то считать нужно по следующим правилам.

Если проверка признала налог излишне возмещенным, то датой образования недоимки считается либо день получения налогоплательщиком денежных средств (в случае возврата суммы налога) либо день принятия решения о зачете (в случае зачета суммы налога) (п.8 ст. 101 НК РФ). 

В остальных случаях датой образования недоимки является день, следующий за последним днем срока уплаты налога (п.2 ст. 11, п.3 ст. 75 НК РФ).