При получении продавцом аванса в 2018 году он должен исчислить НДС по ставке 18/118. Покупатель может принять к вычету этот налог.

Если доплата 2% (в части, приходящейся на увеличение НДС) происходит 01.01.2019 и позже, но до отгрузки товара, то такую доплату ФНС рекомендует рассматривать как непосредственную доплату чистого НДС (а не стоимости товара), исчисляемого по ставке 20/120. После такой доплаты ФНС рекомендует сформировать корректировочный счет-фактуру <Письмо ФНС от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@>.

При отгрузке товаров в 2019 г. должна применяться ставка 20%. В такой ситуации продавец <Письмо Минфина от 06.08.2018 № 03-07-05/55290>:

- исчисляет со стоимости товаров без учета налога НДС по ставке 20%, именно эту ставку и соответствующую ей сумму налога он должен указать в счете-фактуре;

- принимает к вычету два авансовых НДС: первый - который был исчислен в 2018 г. по ставке 18/118; второй – исчисленный в 2019 г. в сумме чистого 2%-ного НДС (по ставке 20/120). 

Покупатель:

- при принятии к учету полученных товаров на основании счета-фактуры продавца может принять к вычету НДС, исчисленный продавцом по ставке 20% (разумеется, при соблюдении иных условий для вычета) <ст.171, 172 НК РФ>;

- должен восстановить авансовый НДС, принятый ранее к вычету. Причем в той же сумме — без каких-либо пересчетов.