1) По работам, выполненным в 2019 г., при составлении КС-2, КС-3 должна быть указана ставка НДС 20%, а также надо исчислить НДС по этой ставке со стоимости товаров (работ, услуг) без учета НДС. При этом подрядчик:

- должен выставить заказчику счет-фактуру с указанием 20% НДС и полной суммы налога. Ее подрядчик должен будет заплатить в бюджет, а заказчик может принять к вычету; 

- сможет принять к вычету «авансовый» НДС по ставке 18/118, который он исчислил в 2018 году при получении аванса. Заказчик должен восстановить НДС в той же сумме.

2) Желательно внести изменения в договор и сметы. Можно составить, к примеру, дополнительное соглашение к договору и уточненную смету (либо подписать документ, которым в нее вносятся изменения).

Ставку НДС с 18% на 20% надо однозначно менять, изменится и сумма НДС. А вот изменится ли «безналоговая» стоимость работ или нет, зависит от ваших договоренностей с заказчиком.

Если заказчик не согласен на увеличение общей стоимости работ (с учетом НДС), то будет уменьшена их безналоговая стоимость. А, следовательно, станет меньше выручка, с которой придется заплатить налог на прибыль. 

3) В бухгалтерском учете каких-либо особенностей учета авансов, полученных  в 2018 г., нет. Проводки будут те же самые.

Разве что для того, чтобы не было путаницы с НДС, который принимать к вычету, можно открыть субсчета: «Авансы, полученные до 2019 г.» (либо «Авансы, облагаемые НДС по 18/118») и «Авансы, полученные начиная с 01.01.2019» (либо «Авансы, облагаемые НДС по 20/120»).