Да, нужно.
С 01.01.2019 ККТ применяется не только при получении денег, но и при зачете предоплаты (ст. 1.1, п. 1 ст. 2 Закона от 22.05.2003; 54-ФЗ, п. 4 ст. 4 Закона от 03.07.2018).
В день получения денег от клиента-физлица нужно пробить чек с признаком способа расчетов «предоплата 100%» (Письмо Минфина от 14.06.2017 № 03-01-15/36865, таблица 28 Приложения № 2 к Приказу ФНС от 21.03.2017 № ММВ-7-20/229@).
А на дату оказания услуг (подписания акта об оказанных услугах) пробейте еще один чек с признаком способа расчетов «Полный расчет». В сумме расчета по чеку покажите, что оплата прошла не наличными или безналичными, а зачетом предоплаты.