С 01.07.2019 ККТ применяется не только при получении предоплаты, но и при ее зачете (ст. 1.1, п. 1 ст. 1.2 Закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ, п. 4 ст. 4 Закона от 03.07.2018 № 192-ФЗ). 
Поскольку вам известно, какие именно услуги оплачивает клиент, в день получения денежных средств нужно пробить чек с признаком способа расчетов «предоплата 100%» (Письмо Минфина от 14.06.2017 N 03-01-15/36865, таблица 28 Приложения № 2 к приказу ФНС от 21.03.2017 N ММВ-7-20/229@). 
Затем пробейте еще один чек на дату оказания услуг (подписания акта о выполнении услуг по договору) с признаком способа расчетов «Полный расчет» (рекомендовано). В сумме расчета по чеку покажите, что оплата прошла не наличными или безналичными, а зачетом предоплаты.
Вы вправе также вместо выдачи закрывающего чека каждому клиенту пробить один кассовый чек со сведениями о всех таких расчетах за месяц. Сделать это надо не позднее 10 календарных дней, следующих за днем окончания расчетного периода. Клиентам такой чек не выдается (п.2.1 ст. 1.2 Закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ).
Отметим еще, что образовательные организации, оказывающие услуги населению в сфере образования, освобождены от применения ККТ при безналичных расчетах без предъявления платежной карты (п.13 ст. 2 Закона от 22.05.2003 № 54-ФЗ). Однако, по мнению ФНС, ИП образовательной организацией признан быть не может (Письмо ФНС России от 25.07.2019 N ЕД-3-20/6923@).