По имеющейся у нас на сегодняшний день информации ситуация такова.
С 01.07.2019 к требующим применения ККТ расчетам отнесено получение иного встречного предоставления за товары, работы, услуги <абз. 26 ст. 1.1 Закона № 54-ФЗ, п. 4 ст. 4 Закона от 03.07.2018 № 192-ФЗ>. 
При проведении расчетов между организациями и/или ИП разрешено не применять ККТ, только если это безналичный расчет без предъявления ЭСП <п. 9 ст. 2 Закона № 54-ФЗ>. Безналичный – это такой, который происходит при участии банка или иной кредитной организации <п. 3 ст. 861 ГК>. Поэтому иное встречное предоставление к безналичным расчетам не относится. И формально получается, что при его получении от другой организации / ИП применение ККТ с 01.07.2019 обязательно.
Специалист ФНС так разъяснила нам позицию налоговой службы (см. ГК 2019 № 15 с. 71, 2019 № 16 с. 59):
– сам по себе зачет встречных требований в целях применения ККТ относится к расчетам иным встречным предоставлением;
– ФНС не станет настаивать на применении ККТ по взаимозачетам между организациями / ИП, поскольку они не предполагают расчетов наличными или корпоративной картой. Сейчас налоговая служба готовит соответствующие официальные разъяснения.
Кроме того, по нашему мнению, под вопросом и само по себе отнесение взаимозачета к требующим ККТ расчетам. Встречного предоставление – это то, что одна сторона договора в соответствии с его условиями должна сделать для другой стороны <п. 1 ст. 328 ГК>. Например, за получение в собственность товара покупатель должен передать продавцу определенную сумму. Ее уплата и есть встречное предоставление за товар. Взаимозачет же приводит к тому, что продавец предусмотренное договором встречное предоставление не получает <ст. 410 ГК>. Прекращения обязательств в результате взаимозачета в определении ККТ-расчетов нет <абз. 26 ст. 1.1 Закона № 54-ФЗ>. На этот аргумент можно попробовать опереться до выхода официальных разъяснений, однако как будет складываться практика, предсказать пока невозможно.

Подробно вопросы применения ККТ при неденежных расчетах были разобраны в ГК 2019 № 15 с. 69 и с. 78, 2019 № 19 с. 59.