В строке "К платежно-расчетному документу" счета-фактуры на аванс нужно указать реквизиты платежного поручения, по которому пришли деньги от другой организации <пп. 3 п. 5.1 ст. 169 НК РФ, пп. "з" п. 1 Правил заполнения счета-фактуры>.
Ведь в соответствии с действующими Правилами заполнения счетов-фактур при получении предоплаты в денежной форме строка 5 должна содержать реквизиты соответствующего платежного поручения (кассового чека)  <пп. "з" п. 1 Правил заполнения счета-фактуры>. Это общее правило, выполнять которое следует независимо от того, кто аванс оплатил (сам покупатель или третье лицо).
В любом случае даже если по каким-то причинам продавец в строке 5 поставит прочерк или оставит ее незаполненной, то при условии правильного заполнения остальных показателей счета-фактуры отказа в вычете быть не должно. Такая ошибка не препятствует при налоговой проверке идентификации продавца и покупателя, стоимости поставки, ставки НДС, суммы налога и прочих необходимых сведений <п. 2 ст. 169 НК РФ; п. 7 Правил заполнения счета-фактуры>.