Производственные календари - это не нормативные документы, руководствоваться ими организация не обязана. Тот факт, что они изменились, не требует каких-либо действий от организации, которая не намерена следовать календарям.
И, да, вы совершенно правы, понятие "нерабочий день" в ТК отсутствует. И ни из одного документа на сегодняшний день не следует, что нерабочая неделя уменьшает изначальное количество рабочих дней в марте и апреле.
Кроме того, Минтруд разъяснил, что за труд в нерабочую неделю надо заплатить как обычно. Чего не будет, если уменьшить количество рабочих дней (п. 3 Рекомендаций, утв. Письмом Минтруда от 26.03.2020 № 14-4/10/П-2696).
Чтобы подстраховаться, можно издать локальный нормативный акт об особенностях оплаты нерабочей недели, где закрепить всё сказанное.

Кстати, в справочно-правовой системе КонсультантПлюс есть две разных версии производственного календаря:

- одна - для работодателей, которые не работают на время, объявленное Президентом нерабочими днями,

- другая - для работодателей, на которых режим нерабочей недели (нерабочего времени) не распространяется.

Таблицы идут друг за другом - прокрутите вниз, изучите все и выберите нужный вам вариант.

Это, конечно, лишь справочная информация, но если она соответствует вашей ситуации, она поможет вам в работе.