В НК РФ нет запрета на предоставление вычета за те месяцы, в которых облагаемого НДФЛ дохода у работника не было. Такую позицию еще в 2009 году высказал ВАС (Постановление Президиума ВАС от 14.07.2009 № 4431/09). Такую же позицию занимают в настоящее время и ФНС, и Минфин (Письма Минфина от 25.12.2018 № 03-04-05/94556, ФНС от 29.05.2015 № БС-19-11/112). Так что можете предоставлять вычеты с начала года сотруднице, которая вышла из отпуска по уходу в середине года.
На примере порядок предоставления вычета вы можете посмотреть в статье «Отрицательный» НДФЛ в декабре:https://glavkniga.ru/elver/2018/23/3881-otritsatelinij_ndfl_dekabre.html