Нет, в данном случае разниц между бухгалтерским и налоговым учетом не возникнет. Поскольку в бухучете уплаченные и подлежащие уплате суммы – это  есть цена приобретения материально-производственных запасов. Будет ли в ней учитываться НДС или нет, зависит только от того, является ли организация плательщиком НДС и предназначены ли приобретенные материалы в деятельности, облагаемой этим налогом.

            Разницы между учетами были бы в другом случае. К примеру, если бы организация приобрела большую партию МПЗ на условиях отсрочки платежа. В таком случае в бухучете в себестоимость вошла бы цена таких МПЗ, по которой их можно было бы приобрести, если бы рассрочки не было, т.е. за минусом платы за рассрочку. А в налоговом учете себестоимость МПЗ все равно надо было бы определять как полную цену по договору с поставщиком, т.е. включая плату за рассрочку.