Как вернуть переплату по НДФЛ, выявленную по акту сверки

Что касается заполнения заявлений на возврат или зачет переплаты, то указывать в них дату и номер платежного поручения нужно только в случае возврата государственной пошлины. Это указано в самих формах заявлений: в примечаниях 4 и 5 <Приложения №8 и № 9 к приказу ФНС от 14.02.2017 N ММВ-7-8/182@>.
Однако вы пишете, что переплата связана с тем, что сумма уплаченного НДФЛ больше удержанного. То есть вы хотите вернуть (зачесть) сумму, которая не является НДФЛ и была ошибочно перечислена в бюджет. Ведь по общему правилу уплата НДФЛ за счет средств агента не допускается <п. 9 ст. 226 НК РФ>. Как разъяснила ФНС, для подтверждения факта ошибочного перечисления сумм по реквизитам уплаты НДФЛ, как и для подтверждения факта излишнего удержания и перечисления НДФЛ, нужно представить выписку из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и платежные документы <Письмо ФНС от 06.02.2017 N ГД-4-8/2085@>.
Кроме того, заявление о зачете или о возврате переплаты может быть подано только в течение трех лет со дня уплаты <п. 7 ст. 78 НК РФ, Определение ВС РФ от 04.03.2019 N 307-ЭС19-737>. И для проверки соблюдения этого срока также принципиально знать, каким платежным поручением НДФЛ был ошибочно перечислен в большей сумме.
Поэтому вам нужно выяснить, за какой период и из-за чего именно образовалась переплата, и представить подтверждающие документы за этот период. Выяснить это вам поможет акт сверки.
Получается, что заполнить заявление на возврат (зачет) переплаты по НДФЛ вы можете несмотря на то, что по какой-то причине не знаете номера платежных поручений. Однако без подтверждения факта переплаты документами, ИФНС возможно откажет вам в возврате (зачете). Само по себе наличие переплаты в карточке расчетов с бюджетом ИФНС может не счесть достаточным доказательством.