У вашей компании есть подпадающая под ЕНВД деятельность, по которой вы хотите перейти на этот спецрежим

Заявление о постановке на учет в качестве плательщика ЕНВДп. 2 ст. 346.28 НК РФ, Письмо ФНС от 25.12.2012 № ПА-4-6/22023@ по форме № ЕНВД-1.
Сдать заявление нужно в инспекцию по месту ведения ЕНВД-деятельности. Подробнее

И только в следующих трех случаях заявление нужно представить в инспекцию по месту нахождения организации:
вы оказываете автотранспортные услуги по перевозке пассажиров и грузов;
вы ведете развозную или разносную розничную торговлю;
вы размещаете рекламу на транспортных средствах