Для подтверждения и признания транспортных расходов в налоговом и бухгалтерском учете нужны документы перевозчика. При доставке автотранспортом это транспортная накладная или ТТН. При железнодорожных перевозках - оригинал транспортной железнодорожной накладной или квитанция о приеме груза ст. 25 Устава железнодорожного транспорта, Письмо ФНС от 21.03.2012 N ЕД-4-3/4681@.

При самовывозе своим транспортом ТТН или транспортную накладную для подтверждения расходов оформлять не надо. Все затраты - зарплату, амортизацию, ГСМ признавайте по обычным документам - зарплатным ведомостям, путевым листам, бухгалтерским справкам пп. 6 п. 1 ст. 254 НК РФ.

И в бухгалтерском учете, и для налога на прибыль транспортные расходы относятся к ТЗР.