Ваш вопрос не совсем понятен. Мы поняли ситуацию так: вы приобретаете билеты через организацию-посредника – агентство (агента), реализующего билеты принципала-перевозчика – авиа или железнодорожной компании.
Налог к вычету вы можете принять, если <п. 1 ст. 172, п. 2 ст. 171 НК РФ, Письма Минфина от 10.01.2013 № 03-07-11/01, от 21.09.2012 № 03-07-11/393, ФНС от 21.05.2015 № ГД-4-3/8565 (п. 2), от 25.04.2014 № ГД-4-3/8194>:
<и> в билетах отдельной строкой выделена сумма НДС;
<и> услуги приобретены для использования в операциях, облагаемых НДС;
<и> приобретенные и использованные услуги приняты к учету.
То есть принять к вычету НДС по билетам можно в периоде утверждения авансового отчета работника <подп. 12 п. 1 ст. 264, подп. 5 п. 7 ст. 272 НК РФ>.
В книге покупок вы зарегистрируете билеты с суммой НДС, выделенной отдельной строкой, выданные работнику и  включенные им в отчет о служебной командировке <п. 18 Правил ведения книги покупок, утвержденных Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 (далее – Постановление № 1137); Письмо ФНС от 21.05.2015 № ГД-4-3/8565 (п. 1)>. При этом следует указать код операции 23 – «Приобретение услуг, оформленных бланками строгой отчетности в случаях, предусмотренных пунктом 7 статьи 171 Налогового кодекса Российской Федерации».
А вот НДС с сервисного сбора можно сразу принять к вычету на основании счета-фактуры, выставленного агентством. Ведь сумму сервисного сбора вы можете учесть в качестве прочих расходов по налогу на прибыль как вознаграждение посреднику за оказанные услуги, а не как расходы на командировки <подп. 3 п. 1 ст. 264, п. 7 ст. 272 НК РФ; Письмо УФНС по г. Москве от 01.07.2010 № 16-15/069225@>. Счет-фактура агентства в обычном порядке регистрируется в книге покупок. При этом в графах 15 и 16 указываются суммы, касающиеся только сервисного сбора.
Обратите внимание: графы 11 и 12 Книги покупок заполняет покупатель, являющийся комитентом или принципалом. В этих графах покупатель приводит сведения о комиссионере (агенте), если товары или услуги приобретены через такового и при этом он действовал от своего имени <подп. "с" п. 6 Правил ведения книги покупок, утв. Постановлением № 1137>. Поскольку по отношению к агенту перевозчика вы не являетесь комитентом или принципалом, вам эти графы заполнять не нужно.