Нет, нельзя. Поскольку в общем случае заявление о зачете или о возврате суммы излишне уплаченного налога может быть подано в течение трех лет со дня уплаты указанной суммы (п.7 ст.78 НК РФ).
Кроме того, вы пропустили и срок для обращения в суд с иском о возврате указанных сумм – поскольку он составляет 3 года с даты, когда ваша организация узнала или должна была узнать о нарушении своего права на  своевременный зачет или возврат указанных сумм <п.3 ст.79 НК РФ, п.79 Постановления Пленума ВАС от 30.07.2013 № 57>. Даже если предположить, что вы узнали о переплате только на дату составления акта сверки с инспекцией, на сегодняшний момент трехлетний срок уже истек.