Организации из числа пострадавших МСП освобождены от обязанности платить разницу между авансом за полугодие и авансом за I квартал <п. 6 ч. 1, ч. 3 ст. 2 Закона от 08.06.2020 N 172-ФЗ, далее – Закон № 172-ФЗ>. При расчете сумм, которые нужно заплатить в бюджет за 9 месяцев и за год, сумма, от уплаты которой предоставлено освобождение, вычитается, т.е. приравнивается к уплаченной в бюджет. При этом её нужно показать в декларации как начисленную, а списание её как уплаченной в КРСБ налоговые органы сделают сами. Такие разъяснения дала ФНС на своём сайте <Информация ФНС https://www.nalog.ru/rn77/business-support-2020/>.
Как мы поняли из вашего вопроса, у вашей организации аванс за I квартал 2020 г. исчислен к уплате, а аванс за полугодие, рассчитанный нарастающим итогом с начала года:
<или> равен нулю из-за того, что по итогам полугодия расходы больше доходов;
<или> меньше аванса за I квартал из-за того, что отдельно за II квартал расходы больше доходов.
В обоих случаях разница между авансом за полугодие и авансом за I квартал отрицательная. На основании вашей декларации инспекция в КРСБ не начислит никакой суммы к уплате по итогам полугодия, поэтому ей нечего будет с вас списать (нет суммы, от уплаты которой предоставляется освобождение).
Декларацию по УСН вы заполняете в обычном порядке, показывая все начисления 2 квартала и полугодия в целом. В разделе 1.2 в строке 040 (аванс к уплате по сроку 25 июля) будут прочерки, а заполнены будут строки 020 (аванс к уплате по сроку 25 апреля) и 050 (аванс к уменьшению по сроку 25 июля, это и есть отрицательная разница между авансом за полугодие и авансом за I квартал). Соответственно, при расчете в разделе 1.2 минимального налога за год к уплате (строка 120) вы вычтете из начисленного минимального налога (строка 280 разд. 2.2) разность строк 020 и 050 <п. 5.10 Порядка заполнения декларации по УСН, утв. Приказом ФНС от 26.02.2016 N ММВ-7-3/99@>.  
Доплатить в бюджет в срок не позднее 31.03.2021 нужно разницу между суммой, которая получится в строке 280 раздела 2.2 декларации, и суммами фактически перечисленных в бюджет авансовых платежей за 2020 год.
Официальных разъяснений Минфина и ФНС о возможности освобождения от уплаты налога за год в части, равной сумме из строки 050 раздела 1.2 декларации, нет.

Также о расчете и уплате пострадавшими МСП налога по УСН читайте в ГК 2020 № 23.