Можно ли учесть уплаченные взносы в уменьшение УСН при отрицательном сальдо ЕНС

Как можно понять из вашего вопроса, деньги, которые вы перечислили в уплату 1%-х взносов за 2022 г., по сроку уплаты 03.07.2023, налоговики списали в погашение ранее возникшей задолженности (п. 8 ст. 45 НК РФ). Это значит, что обязанность по уплате 1%-х взносов за 2022 г. у вас не исполнена.
Июльские поправки в самом деле предусматривают возможность уменьшения налога по УСН/ПСН на еще не уплаченные взносы. Более того, этот порядок распространен на правоотношения, возникшие с 01.01.2023, то есть уменьшить налог на неуплаченные взносы можно и задним числом. Но это касается взносов за 2023 г. и последующие годы. То есть, скажем, ИП вправе уменьшить «упрощенный» налог за отчетные (налоговый) периоды 2023 г. на фиксированные взносы за 2023 г. (45 842 руб.) и на 1%-е взносы за 2023 г. независимо от факта их уплаты (Письмо ФНС от 25.08.2023 № СД-4-3/10872@).
Взносы же за периоды, предшествующие 2023 г., уплаченные после 31.12.2022, уменьшают налог за налоговые периоды 2023 – 2025 гг. – это прямо предусмотрено новой редакцией п. 1.2 ст. 346.51 и п. 3.1 ст. 346.21 НК РФ. То есть для взносов за 2022 г. правило зачета в уменьшение налога прежнее – по уплате. И пока на ЕНС не погашена обязанность по уплате 1%-х взносов за 2022 г., уменьшить на них налог нельзя.
В то же время новое правовое регулирование не препятствует уменьшению налога на еще не уплаченные фиксированные взносы, а с учетом позиции ФНС, и на 1%-е взносы за 2023 г. По нашему мнению, это правило работает, даже если есть задолженность по взносам за периоды, предшествующие 2023 г.
 Учтите, что, поскольку срок уплаты 1%-х взносов за 2022 г. уже прошел, они сейчас являются вашей недоимкой. И по правилам п. 8 ст. 45 НК РФ, последующие ваши платежи будут направлены на погашение недоимок, начиная с самой ранней, даже если вы в платежке со статусом 02 укажете другой налог или период.