Для целей социального страхования не имеет значения, сколько времени работник находился на территории России.
Ситуация 1. Ваш работник – россиянин, то вы должны оплатить ему больничный.
Ситуация 2. Ваш работник – иностранец или лицо без гражданства. Тогда вам надо выяснить, является ли он застрахованным в системе российского социального страхования:
(если) работник находится в России на основании визы, то есть является временно пребывающим, то он не является застрахованным и больничный ему вы не должны оплачивать <п. 15 ч. 1 ст. 9 Закона N 212-ФЗ>. И даже если вы оплатите такой больничный лист, то ФСС не возместит вам ваши расходы. И к тому же потребует начислить взносы на такую выплату <Письмо Минздравсоцразвития от 30.08.2011 № 3035-19>;
(если) работник имеет разрешение на временное или постоянное проживание, то он застрахован в системе социального страхования. Вы обязаны оплатить его больничный и ФСС возместит вам расходы.
Учитывая, что ваш работник принес больничный лист (предполагаем, что этот больничный лист выдан российским медицинским учреждением), весьма вероятно, что он является застрахованным лицом. Ведь по действующему порядку медучреждения должны выдавать листок нетрудоспособности только застрахованным лицам, являющимся гражданами России, а также постоянно или временно проживающим на территории России иностранным гражданам и лицам без гражданства, указанным в ст.2 Закона от 29.12.2006 N 255-ФЗ <п.1 Порядка выдачи листков нетрудоспособности, утв. Приказом Минздравсоцразвития России от 29.06.2011 N 624н; п.1 ч. 1 ст. 2 Закона N 255-ФЗ >.