Если один и тот же НДФЛ удержан и из аванса, и из отпускных (помимо НДФЛ с отпускных), то это ошибка. Так быть не должно. Но вот причину найти проще, если вы обратитесь в поддержку 1с.
Как выясните, отпишитесь - может быть другим форумчанам пригодится))