Выделять ли НДС в билете?

Сумма НДС, выделенная в билетах работника, направленного в командировку, может быть принята к вычету и без счета-фактуры, если билет соответствует всем требованиям БСО <п.7 ст.171, п.1 ст.172 НК РФ>. В этом случае в книге покупок регистрируется именно БСО <п.18 Правил ведения книги покупок…, утв. Постановлением Правительства от 26.12.2011 N 1137, Письма Минфина от 21.09.2012 N 03-07-11/393, от 30.01.2015 N 03-07-11/3522, ФНС от 18.08.2015 N ГД-4-3/14544>. И если бы даже агент, действующий от имени транспортной компании, выставил вам счет-фактуру, зарегистрировать его в книге покупок вы бы не смогли, поскольку действующими правилами заполнения книги покупок это не предусмотрено <Письмо Минфина от 10.01.2013 N 03-07-11/01>.
    Учесть же в расходах для целей налогообложения прибыли всю стоимость билета (с учетом налога) можно, если наоборот сумма НДС в билете не выделена <п.2 ст.786 ГК РФ, пп.12 п.1 ст.264 НК РФ>.
В описанной вами ситуации НДС в билете выделен. Следовательно, учесть его сумму в расходах для целей налогообложения прибыли не получится, т.к. налогоплательщик не вправе самостоятельно выбирать способ учета НДС – принять к вычету или признать в расходах <Определение ВС РФ от 24.03.2015 N 305-КГ15-1055, Письмо ФНС от 17.07.2015 N СА-4-7/12693@>.
    Таким образом, для целей налогообложения прибыли вы можете учесть стоимость билетов без НДС, а также стоимость услуг, оказанных вам компанией-турагентом.