В вашей ситуации туроператор оказывает посреднические услуги по организации проживания работника. Поэтому для отнесения затрат на проживание на «прибыльные» расходы нужно, чтобы документы, выданные посредником, позволяли идентифицировать саму предоставленную услугу (проживание), фамилию проживающего, период проживания в гостинице, а также факт оплаты стоимости проживания командированным лицом.

Факт оплаты через интернет можно подтвердить банковской выпиской операций по карте, с которой были списаны деньги за проживание. 

Однако следует помнить, что расходы по проживанию в гостинице командированного работника учитываются при налогообложении прибыли при условии их документального подтверждения (пп. 12 п. 1 ст. 264, п.1 ст. 252 НК РФ). Причем для этих целей могут применяться документы, оформленные в электронном виде, только если они подписаны электронной подписью (ч. 5 ст. 9 Закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ, п. 1 ст. 11, ст. 313 НК РФ). Распечатанные с интернет-сайта документы посредника могут косвенно подтверждать произведенные работником расходы, но без «живой» подписи не являются первичными документами, которые обеспечивают должное документальное обоснование расходов для целей налогообложения прибыли. Поэтому вы можете попросить работника обратиться к туроператору за копиями соответствующих документов, заверенных надлежащим образом.

Заметим также, что, по мнению налоговиков (п.2 Письма УФНС по г. Москве от 26.08.2014 N 16-15/084374), если сотрудник после возвращения из командировки не представил счет из гостиницы, расходы на проживание могут быть учтены при расчете налога на прибыль в размере фактических затрат при наличии следующих документов:

(и) справки из гостиницы с подтверждением, что командированный сотрудник проживал в ней, а также периода проживания и стоимости;

(и) иных документов, устанавливающих период нахождения сотрудника в командировке в месте, где расположена гостиница.