С 2015 года обязательные командировочные удостоверения отменены <подп. «в» п.2 Изменений, утв. Постановлением Правительства РФ от 29.12.2014 N 1595>.

Организация должна была направить работника в командировку на основании письменного решения работодателя, в котором должны быть указаны <п.3 положения, утв. Постановлением Правительства РФ от 13.10.2008 N 749>:

(и) срок командировки,

(и) ее цель (служебное поручение),

(и) место командировки.

Таким образом, рекомендуем вам издать приказ руководителя о направлении работника в командировку (например, по форме N Т-9). 

Если не будет приказа руководителя на направление работника в командировку, то проверяющие могут счесть ваши расходы на выплату суточных документально неподтвержденными, и вам придется отстаивать их в судебном порядке.

В случае если в вашей организации применяется также и командировочное удостоверение, само по себе оно помехой для учета расходов не будет. И может служить дополнительным подтверждением числа дней командировки, если в таком удостоверении будут проставлены отметки о прибытии в место командировки и убытии из него.