Расходы должны быть документально подтверждены <ст.252 НК РФ>. 

Отметим, что в аналогичной ситуации – при покупке компьютерных программ через Интернет, Минфин считает расходы подтвержденными, если имеются <Письма Минфина от 28.09.2011 N 03-03-06/1/596, от 05.03.2011 N 03-03-06/1/127>: 

(и) документы на оплату,

(и) распечатка электронного письма, подтверждающего поставку программы, заверенная в установленном порядке.

Распечатка электронного письма, полученного из визового центра, вместе с выпиской с банковского счета может подтвердить расходы на оплату услуг визового центра. Такие распечатки заверяются подписью работника организации и руководителя с указанием его Ф.И.О. и должности, а также даты распечатки. 

Дополнительно вы можете составить справку бухгалтера с описанием сложившейся ситуации, проставить подписи лиц, ответственных за оформление операции и приложить к этой справке распечатки электронных писем и выписок с банковского счета <ч. 1, 2 ст. 9 Закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ, ст.313 НК РФ>.